NDA协调标准

所有馆藏 临床/表型 | 神经信号记录 | 组学 |  图形用户界面 | 解析标识符 | 资料定义 | 验证  | 以BIDS格式提交数据 | 从REDCap提交数据

有关如何将数据与NIMH数据存档(NDA)协调一致的信息 可以在此处找到标准,并按数据类型列出。

所有馆藏的标准

预期所有NDA馆藏都将使用以下两种方法之一提交研究主题和谱系数据结构: //nda.gratlusbc.net/data_structure.html?short_name=ndar_subject01 or //nda.gratlusbc.net/data_structure.html?short_name=genomics_subject02 模板(如果需要提交omics)。研究主题和谱系结构包含有关所有研究主题的核心信息,包括:诊断,表型和家庭谱系;有关已收集和/或分析的生物样品的信息,包括给定生物库中的样品类型,描述和受试者ID;和其他信息系统中的主题ID。每当受试者的诊断或表型更新或收集和/或分析新的生物样本时,研究人员应在“研究受试者和谱系”结构中创建一个新条目。

临床/表型数据标准

保密协议 支持与人类受试者研究相关的无限数量的临床,人口统计学和表型数据(请参阅 数据字典 )。为确保跨项目的数据统一,所有数据均已提交给NDA 必须符合数据字典中定义的标准化数据结构。见 数据共享的步骤 欲获得更多信息。 

使用现有评估

保密协议数据词典包含了数千项心理健康研究人员用于临床研究研究的临床评估数据。 这些评估中有许多是在不同的研究中使用的,以促进协调,可重复性和辅助数据的使用。 NDA鼓励研究人员搜索“数据字典”以找到可用于协调其所有评估的现有结构。 研究人员可以通过添加新的变量或值来适应研究计划,从而请求扩展现有的NDA数据结构。 只需通过电子邮件将请求的详细信息发送给NDA帮助台。 

提交新评估

向NDA提交数据的项目可以提供新的评估,作为创建其预期数据的一部分。选择"添加期望的新数据" and then select "上载新定义"在“期望的数据”网络工具中。参见教程 这里 。新结构请求应以所有NDA数据结构相同的方式提交。提供评估手册的电子副本以及任何说明和支持文档(如密码本)也很有帮助。 NDA鼓励所有提交新评估的用户包括对新结构的清晰描述,评估目的,有关数据收集方法的信息以及评估来源(如果适用)。评估说明将在NDA数据字典中显示给所有用户,并将支持其他收集类似评估的项目以及辅助数据用户。然后,NDA工作人员将整理定义,并将其提供给研究团体以进行数据提交。

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神经信号记录

保密协议 接受来自以下人员的诱发响应/基于事件的数据 EEG, fMRI, 眼动追踪,MEG和EGG 实验。这些数据中的每一种都有一个 数据字典中的标准结构,可用于上传相关文件。这些是:

这些结构使您能够提供所需的信息,并包含一个数据文件元素,该元素使您可以指定要上传的关联数据文件的路径。在参与者记录上提供有关用于收集数据的实验参数的信息(例如事件/任务描述,采集硬件,后处理等) level, 这些数据类型还需要您定义 一个实验。这是在您的项目中完成的'集合,并在完成实验定义后,将为其分配一个ID号,该ID号必须在"experiment_id"元素在适当的结构中。您可以找到有关使用定义工具的教程 这里 。成功协调后,此数据将包括CSV提交结构,用于指定关联数据文件的位置以及您的“收藏夹”中的关联“实验”。然后,使用验证和上载工具上载CSV和您关联的数据文件。此外,NDA使用FSL快速/优先计算管道为提交的成像文件提供成像质量检查。这些质量保证结果现在可供授权用户查询和下载。' 评估数据 '在数据字典中。

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组学定义

要将组学数据提交给NDA,您首先需要使用项目的“实验”标签'集合以创建一个实验,该实验定义了诸如分子,平台,软件, etc.  您可以找到有关使用定义工具的教程  这里 。创建实验后,将为其分配一个ID号。然后,您可以使用标准的组学定义 (genomics_sample结构)以提供所需的样品信息,然后在同名字段中输入“实验ID”。该CSV文件包含一个字段,用于指定您要上载的相关组学数据文件的路径。定义实验,填充CSV和指定文件后,您可以使用验证和上传工具上传此数据。请注意与我们联系  保密协议 帮助台 欲获得更多信息。

提交组学数据的项目应使用摘要数据结构 基因组学科 ,而不是标准  研究课题  临床/表型数据部分中提到的结构。

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保密协议 GUID

图形用户界面 Training

保密协议 GUID是一个主题ID,它使研究人员可以共享特定于研究参与者的数据而无需暴露个人身份信息(PII),并可以在实验室和研究数据存储库中匹配参与者。保密协议 GUID 是为以下对象开发的主题ID标准 自闭症的研究,现在已广泛应用于心理健康领域。 NDA中的每个数据结构  数据字典  包含此标识符(标记为元素 subjectkey)。此外,研究人员使用GUID将关于通过NDA共享的数据的主要或次要分析结果发布到 在NDA研究中将受试者与队列相关联。这允许 研究人员将出版物直接链接到NDA中的数据 (see 保密协议 Study )。

该工具本身是一个GUI或命令行Java Webstart应用程序,您可以直接从NDA网站启动它。它支持单主题数据输入或批量GUID生成。给我们发电子邮件NDAHelp@mail.nih.gov,以获取有关命令行工具的信息。

要创建GUID,需要一个人'的法定姓名,出生日期,性别和出生城市/市镇。因为关于出生证明的信息对于每个人都是恒定的's life, i包括出生证明上的信息非常重要。 否则,如果研究对象参加其他自闭症研究并且使用其他来源,则会发生对象不匹配。为双主体生成GUID时, 获取多个主题的GUID 为了防止误判匹配,必须按如下所述使用函数。

如果您要向NDA提交数据,则可以在创建帐户时选中该框以请求访问GUID工具。如果您已经有一个帐户并需要使用GUID工具,请与我们联系。

您可以在 保密协议 GUID website.

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解决主题标识符

精神卫生研究界已经标准化了 保密协议 GUID 跨项目主题标识符。但是,许多其他标识符确实仍为研究团体所使用。要解析适当的GUID /主题键并确保从NDA检索的数据中不存在重复的主题,请使用 解决主题标识符 界面(使用  CSV模板 )。

如果找不到匹配项,则NDA 尚未收到该主题标识符。要将主题标识符关联添加到NDA,请包括主题标识符并提交给NDA using one of our 解析标识符 数据结构(例如ndar_subject,genomics_subject)。然后,我们将在NDA中为您解析标识符 允许我们共同修复重复的主题标识符,这些标识符是 用于不同的系统。请注意,NDA pseudoGUID升级将自动应用于存储库。如果存在我们目前不知道的来源'支持,请通过以下方式与我们联系  保密协议 帮助台 这样我们就可以添加它。

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资料定义

保密协议 has worked with the mental health research community to 创建一个包含标准结构的数据字典 进行数百次评估。

以下是有关数据字典的一些注意事项:

  • 您可以按类型(例如,组学,神经信号记录,临床评估),来源(例如,NDAR,PediatricMRI,AGRE,NDCT)或类别(例如,行为,智商)浏览结构,以识别可用的数据结构,并通过文字搜索。
  • 通过单击数据结构的名称,您可以查看数据元素及其属性的列表,下载详细定义和用于提交数据的空白模板,以及查看任何相关的URL。
  • IQ描述已根据请求删除,但在需要时可用。
  • 专栏"Submission" indicates whether NDA 当前接受这种结构的数据上传。如果提交是"Not Allowed"通常存在更新的措施。
  • 每个结构页面上都有一个指向“更改历史记录”的链接, 显示对结构所做的所有更改 在过去六个月内。
  • 结构中的“别名”列显示 验证和上传工具将为特定数据元素识别的其他名称。
  • 保密协议 支持转换数据值,允许从特定于实验室的数据转换数据 值等于NDA认可的值(例如,男到男)。尽管这对于已经使用不同值集收集数据的实验室会有所帮助,但是大多数未使用数据集的实验室 标准应考虑在提交之前执行此转换。
  • 可以通过以下方式访问我们的数据字典中的Web服务: 无需身份验证。它可以在 //nda.gratlusbc.net/api/datadictionary/ 如有任何疑问,请与我们联系。
  • 对于自闭症卓越中心II受助者,ACE通用度量标准版本2在各个项目中使用,代替了原来的ACE通用度量标准(已弃用)。
  • 研究课题 :这是一个通用的摘要结构,可让您为每位参与者提供一份记录,以指示NDAR临床诊断。如果没有在其他地方提供临床诊断,这通常是对照对象的诊断,则可以使用此措施进行诊断。此外,此数据结构用于提供NDA GUID以外的主题标识符(例如AGRE,Rutgers,SFARI),从而使我们可以跨存储库匹配主题(请参见 解析标识符)。所有收集与ASD不相关的数据的项目也使用相同的结构。
  • 基因组学科 :此结构是Omics代替研究主题提交给NDAR所必需的。它类似于研究主题,但包含其他数据/生物存储库标识符,这也使我们可以在这些存储库中匹配主题 (see 解析标识符 )。
  • 基因测试:此结构可让您指定使用的基因测试及其结果。目前,它应包括所有已知基因测试的选项。请通过以下方式与我们联系 保密协议 帮助台 如果新测试未以此形式表示。

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资料验证

保密协议 要求所有数据在提交之前均已成功验证。这意味着提交数据的研究人员必须使用 验证和上传工具可从NDA网站免费获得,以根据“数据字典”结构中定义的标准检查其文件。 本质上,该工具允许您指定数据的位置或将文件拖放到其中,然后将检查文件以确定它们使用的数据结构(NDA使用short_name和version (以标识数据结构),并验证记录中的数据是否符合定义。数据通过验证后,您可以使用相同的工具来创建和上传NDA认可的提交包。

有关使用 验证和上传工具:

  • 数据结构中标记为必填的字段 必须是您数据中的一列,并且不能为null /空白。如果没有该元素的数据,则必须确定有效数据所定义的数据不可用。如果有效值未提供此类条目,请与我们联系,我们将添加它。
  • 空的推荐 栏位(如同"Required" column), 不会阻止提交。请注意,所有项目级别的详细信息都是预期的。 如果推荐字段的数据为空,则验证和上载工具将提供警告,如果可选字段的数据为空,则将不提供警告。
  • 验证和上传工具将测试每一行,以确保其与数据字典保持一致 并将验证NDA中是否存在GUID /主题密钥。每个字段必须符合数据元素'的值范围(如果已定义)。
  • 的符号"::"用于指示范围。例如,面试年龄的0 :: 1200表示在0到1200个月大的范围内。
  • 不需要将相关文件(例如基因组文件和影像文件)加载到工具中。加载后验证文件的时间,或 您重新运行验证后,该工具将检查指定位置文件是否存在。
  • 保密协议 is currently piloting programmatic data submission through web services. If you are interested in joining this pilot, please contact 保密协议 帮助台.

有关如何使用NDA验证和上传工具的信息,请查看 tutorials 这里。

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以BIDS格式提交数据

为了支持BIDS格式的数据成像,应使用清单数据元素。清单数据元素类似于文件数据元素,其中数据提交模板指定包含文件集合的XML或JSON文件的位置。这支持创建描述相关文件资源集合的NDA数据结构的功能。 此新元素将清单中包含的文件视为关联文件以进行提交,并且将这些文件作为单个对象提取并存储在AWS S3 Object Storage中,这还使用户能够直接从文件集合中访问特定文件。 

Clicke 这里 有关清单数据元素的更多信息,或参考我们的 GitHub资料库 有关示例和帮助脚本。

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从REDCap提交数据

对于使用REDCap进行数据采集的研究人员,通常需要进行数据转换以符合NIMH Data Archive(NDA)数据协调标准。分配的数据管理者将帮助结构创建和变量映射。 REDCap数据可能必需的一些数据转换示例如下:

  • 将REDCap摘要表格分为单独的NDA结构
  • 将REDCap选择题答案的输出合并到一个NDA元素中
  • 根据访问日期数据将REDCap时间点相关的变量合并到NDA元素中
  • 为每个唯一的REDCap字段使用一致的名称
  • 就像没有描述性字段一样编辑REDCap字段描述

有关更多信息,请查看 为NDA准备REDCap数据的指南.

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