访问共享数据

有关NDA中共享数据的摘要信息 可在NDA查询工具中使用,而无需NDA user account.  要请求访问记录级人类主题数据,您必须提交数据访问请求。  

保密协议 权限组 由一个或多个NDA集合组成,这些集合包含具有相同主题同意的数据。 NDA集合是一个虚拟容器,用于存储与项目/拨款相关的数据和其他信息。它提供有关项目,资金数额,报告的注册人数,数据共享时间表和结果的重要信息。 广泛使用权限组 由一个或多个NDA集合组成,这些集合包含所有已被广泛研究使用的数据。  受控访问权限组 由一个或多个NDA集合组成,这些集合包含的数据具有相同的基于主题同意的数据使用限制。  开放访问权限组 由一个或多个NDA集合组成,这些NDA集合包含所有已广泛用于研究用途的数据,并且可以由不属于NIH认可的研究机构的用户访问。 

首先,创建一个NDA用户帐户或  登录  到您现有的一个。具有NDA凭证的用户可以提交 数据访问请求 一次从NDA获得一个许可组 权限仪表板. 每个请求都包含一个NDA 数据使用证明 由主要收件人和收件人研究机构的授权签名官员签名。 如果你不知道你的机构's签署官员,请通过以下方式与我们联系  保密协议 帮助台。可以通过完成“高级/关键人物简介(合作调查者)”部分将来自同一机构的其他研究人员添加到“数据使用证书”中。可以添加到数据访问请求中的其他职员数量没有限制,因此整个实验室仅需要一个请求。 数据使用证书上的所有接收者都必须与接收者的研究机构有关联。由NIH工作人员审查给定NDA权限组的数据访问请求 数据访问委员会。   

提交“广泛使用数据访问请求”和“受控访问权限组”的NDA用户必须由具有联邦范围内保证的NIH认可机构赞助,并且具有与研究相关的访问NDA的需求 data.  提交受控访问权限组的数据访问请求的NDA用户必须遵守基于同意的数据使用限制。开放访问权限组的数据访问请求不需要机构的赞助。  NDA 联合存储库 有自己的访问要求。 有关NDA权限组的详细信息,请访问: //nda.gratlusbc.net/about/about-us.html.

当您被批准访问NDA许可组中的数据并对其进行研究时,您将'可以使用以下工具查询和下载所有可用数据 NDA查询工具 保密协议 下载工具.

 

直接在云中访问数据

国立精神卫生研究所数据档案馆的任务 (NDA)是为了使研究数据可重复使用。可以使用GUID汇总跨项目收集的数据并使其可用,包括临床数据以及从同一参与者收集的成像,基因组和其他实验数据的结果。 这样,对基因型和大脑容量进行单独的实验就可以为NDA中包含的十万多个受试者提供信息。 NDA的云计算功能提供了支持该基础架构的框架。

 

它是如何工作的?

保密协议 拥有并保护丰富的数据集(fastq,大脑成像) 在基于对象的存储中(Amazon S3)。为了方便访问,NDA支持 数据包的部署(通过NDA查询工具创建) 到Amazon Web Service Oracle数据库。这些 databases 在包中为每个数据结构包含一个表。联系 可以通过对NDA的S3对象的只读访问来获得数据文件。关联包中那些对象的地址 在标题为S3_LINKS的miNDAR表中提供。通过提供此接口,NDA 可以针对无需启动完整数据包即可启动的丰富数据集进行实时计算。此外,还创建了一个新的数据结构类别,称为" 评估数据 ."将为每个miNDAR创建这些结构的表格,使研究人员可以使用NDA云功能和计算管道来编写任何 数据直接返回到miNDAR数据库。这将使NDA可以使用此数据 在适当的时候向一般研究社区提供。

 

miNDAR也可以用您自己的数据填充并上传 直接返回NDA,直接从托管数据库提交简化的数据。

 

我该如何开始?

在软件包创建期间,可以使用将数据软件包启动到云托管数据库的选项。您可以部署以前生成的数据包,也可以部署新的数据包。

 

启动miNDAR

要将数据移至Oracle,首先在NDA中创建一个程序包。然后,在注册后,在miNDAR选项卡上输入请求的软件包ID和凭据。这将启动miNDAR创建过程,该过程大约需要10分钟。创建后,miNDAR连接详细信息将通过电子邮件发送给您,并可用于与您的凭据建立连接。

 

访问文件

在30天内,将数据下载到非AWS互联网地址的访问限制为20 TB。有关更多详细信息(包括示例),请阅读有关我们的 用户下载阈值.

档案文件 包含在包装中的是 可从Amazon Web Services(AWS)访问 S3 对象存储。每个miNDAR程序包都会有一个表“ S3_LINKS”表 containing 该包中所有对象的URI。使用 直接将网络服务呼叫至 亚马逊网络服务's S3 API, 一种 第三方工具或客户端库,这些对象中的数据可以流式传输或下载。 

为了安全起见 临时AWS凭证  需要访问S3对象。通过使用您的NDA向Web服务进行身份验证来颁发临时凭证 用户名和密码。 可以直接从Web服务获取AWS凭证( 看例子  on our  的GitHub  page)或下载管理器(可在两个  图形用户界面  and  命令行  version.

对于GUI版本,请转到'Tools' menu and select '生成AWS凭证'.  

对于命令行下载管理器,请使用以下语法: 

java -jar downloadmanager.jar --username用户--password pass --g 

寻求帮助 命令行下载管理器,请使用以下开关: -h, --help

Web服务提供了三个部分的临时凭证:

  • 访问密钥,  
  • 一个秘密的钥匙,  
  • 和一个会话令牌

这三个部分都是必需的,以便通过S3进行正确的身份验证并检索数据。 

此外,Web服务还提供了令牌中的令牌的到期时间戳。 YYYY-MM-DDTHH:MM:SS-TZ格式(TZ = HH:MM)。 可以随时检索新密钥。面向服务的方法 允许执行流水线过程,这些过程可以在数据处理的适当阶段请求新的密钥。 

 

额外的帮助

请看我们的  云教程 有关如何创建miNDAR的视频演示。 Please contact the  服务台  with any questions.